Strukturbildande material med högt lignininnehåll är mer svårhanterligt när man rötar i reaktorkärl. Det finns rötningsprocesser som arbetar med substrat som har ända upp till 30 % innehåll av fast substans men i regel vill man ha pumpbara substrat vilket betyder maximalt ca 15 % torrhalt. Möjligheten att blanda väl påverkas också av torrhalten. Ofta ligger torrhalten i mellan 5 % och 10 % men lägre förekommer också. Hög torrhalt medger en kompakt anläggning men det betyder inte att den blir billigare bygga. Högre torrhalt i substratet leder också till något lägre omvandling av den rötbara substansen till metangas.

Problemet med rötresten är att finna avsättning. Som nämnts finns det olika rötmetoder där somliga har mer torrsubstansinnehåll i rötresten än andra men ändå är vattenhalten så hög att om restmaterialet skall transporteras bort för spridning på åkermark så är det huvudsakligen vatten som transporteras och det ekonomiska transportavståndet blir mycket kort. Eftersom kvävet dessutom huvudsakligen förekommer som ammonium i vattenlösningen är det svårt att sprida utan att en stor del avgår som ammoniakgas under spridningsprocessen.

Ett annat problem är att rötrest uppstår hela året medan lantbruket bara behöver växtnäring på våren och försommaren. Därför måste man lagra och den höga vattenhalten gör detta dyrbart. En vanlig lösning är därför att man avskiljer den fasta rötresten, blandar den med lämpligt biologiskt nedbrytbart material och gör en kompostering. En del av rötvätskan pumpas tillbaka in i rötprocessen och en annan del används för att vattna komposten. Tyvärr förlorar man en mycket stor del av kvävet med denna metod men man får en produkt som är lagringsbar. Om det finns en lokal kompostmarknad kan man också få avsättning.

Växtnäringsinnehållet per totalvikt blir ungefär samma som för stallgödsel från kor och ekonomiskt tål inte heller stallgödsel någon längre transport. Sträckan bör inte överstiga "traktoravstånd". Det är stallgödselns dåliga transportekonomi som ger obalans i lantbrukets växtnäringsåterföring i såväl Sverige som övriga Europa.

Hela rötningsprocessen är beroende av om man kan få avsättning för gasen och för rötresten. Vid ungefär mitten av 1990-talet gjordes en studie av rötningsförutsättningarna i Stockholms stad och man kom till resultatet att just avsättningen av rötvätska och fast rötrest skulle bli svår eftersom den skulle konkurrera med såväl avloppsreningsverkens rötslam, produktionen av stallgödsel och med rötprodukter från andra biogasanläggningar om den mark som kunde/fick utnyttjas för spridning. Det visade sig bli nödvändigt med transportavstånd på mer än 20 mil, vilket knappast antogs kunna försvaras ekonomiskt. Rötresterna är ett problem.

Det finns dock metoder att lösa rötrestproblemet. Huvudlinjen för dessa är att dränera ifrån all rötvätska, eventuellt efter att ha sänkt dess Ph-värde för att lösa upp det tungmetallinnehåll som kan finnas i slammet. Därefter behandlas slammet på samma sätt som rötslam från reningsverken. Detta kan t ex innebära förbränning, spridning på odlingsmark eller täckning av deponier. Den avdränerade rötvätskan behandlas sedan kemiskt så att man i tur och ordning tar vara på fosfor, kväveinnehåll och eventuella tungmetaller. Därefter släpps vätskan ut med avloppsvattnet. Pilotanläggningar som arbetar enligt dessa principer finns redan i Japan och i Tyskland. Två liknande metoder har undersökts i Sverige. Problemet är kostnaden.